Il temibile villain e le gemme dell'infinito tornano anche in questo episodio, influenzando la storia e il gameplay in modo più o meno evidente. Il cattivo di turno, questa volta, è Ultron Sigma, fusione di due entità robotiche intenzionate a creare un mondo epurato da qualsiasi forma vivente e dominato dal freddo metallo. A ostacolare la sua avanzata troviamo vari esponenti degli universi di Marvel e di Capcom, riunitisi per l'occasione tra battute e frecciatine degne del discusso binomio Disney/Marvel. La modalità Storia di Infinite è piuttosto corposa e tra un combattimento e l'altro accompagna il giocatore per diverse ore. Durante lo sviluppo dell'arco narrativo il livello di difficoltà cresce regolarmente, permettendo all'utente di prendere confidenza con vari personaggi e con le nuove meccaniche di gioco. Nel corso dell'avventura appaiono anche personaggi attualmente non selezionabili, che presumibilmente vedremo uscire sotto forma di contenuti aggiuntivi scaricabili dai negozi online.